Housenka přezimuje v zámotku umístěném v prasklinách kůry na kmeni, případně v půdě a pod trsy trávy. Na jaře se housenky zakuklují, motýli se líhnou přibližně v polovině května. Samičky kladou vajíčka jednotlivě na mladé plody nebo listy v jejich blízkosti.
Jedna samička naklade přibližně 80-120 vajíček. Po 8-15 dnech (při velmi nízkých teplotách až po 20 dnech) začíná líhnutí housenek, které se po krátkém povrchovém žeru zavrtávají do plodů. Jedna housenka poškodí 2-3 plody, přičemž v jednom plodu bývá obyčejně pouze jedna housenka. Po čtyřech týdnech opouští plod a zakukluje se.
V teplejších oblastech se ve druhé dekádě července objevují motýli druhé generace a za několik dní také vajíčka. Ve velmi teplých letech se vyvine i třetí generace. V nadmořské výšce nad 500 m je obyčejně pouze jedna generace, nad 600 m dokonce ani tato generace nezpůsobuje významnější škody.
Obalovač jablečný má v přírodě mnoho přirozených nepřátel, kteří omezují jeho velký reprodukční potenciál.
Významnou roli mají v zimě sýkorky, které mohou zničit až 90 procent zimujících housenek, přičemž přednost dávají větším housenkám (snadněji je vyhledávají).
Podle některých pozorování až 40 procent nakladených vajíček a asi 10 procent housenek mezi vylíhnutím a jejich zavrtáním se do plodů mohou zlikvidovat ucholaky a dravé bzdochy čeledí bzdeškovité a leskličkovité. Přibližně 40 procent zbylých housenek mohou zase napadnout bystrušky a mrňousky během vyhledávání místa zakuklení. Po zakuklení dalších 15 procent kukel může být parazitováno lumkem dráždivým.
Společným výsledkem činnosti všech těchto užitečných organismů může přežít z průměrné snášky 120 vajíček od jedné samičky jen 1 samice a 1,8 samce.
Po pokusném ošetření organofosfátem, který omezil vliv užitečných organismů, se podíl přežívajících jedinců obalovače dokonce zvýšil a to až šestinásobně.
Z uvedeného vyplývá velký význam podpory užitečných organismů (např. ozeleněním meziřadí, vyvěšováním ptačích budek apod.), což je však třeba dělat komplexně, přičemž výsledek se dostaví až po několika letech. Dále je velmi důležité vyřazení vysoce toxických přípravků na ochranu rostlin, zejména širokospektrálních insekticidů ze skupiny pyretroidů. Naopak vhodné je zařazení biologických přípravků a přípravků na bázi inhibitorů tvorby chitinu, které jsou cílené proti obalovačům a neničí
užitečné organismy.
Při nepřímé ochraně je poměrně důležitá i prostorová izolace od líhní motýlů (např. velkých sadů, skladů ovoce apod.).
Na menších plochách je efektivní i vychytávání housenek lapacími pásy a jejich likvidace. Přímá chemická ochrana se doporučuje při zjištění 2 a více vajíček na 100 plodech a jim blízkých listech. Termín ošetření se určuje podle náletu motýlů do feromonových lapačů. Přípravky na bázi inhibitorů tvorby chitinu je třeba aplikovat ihned po vyvrcholení letové vlny motýlů nebo po nalezení prvních vajíček. Jsou vysoce účinné a druhé ošetření při nich není nutné.
Biologické přípravky se aplikují těsně, tzn. j. 1-2 dny před líhnutím housenek nebo 3 dny po vyvrcholení letové vlny motýlů. To ovšem předpokládá kontrolu stavu vajíček v sadě (těsně před líhnutím jsou vajíčka ve stádiu tzv. černé hlavičky). Ostatní přípravky se aplikují v době hromadného líhnutí housenek, tzn. j. 8 dní po vyvrcholení letové vlny motýlů. První výraznější letovou vlnu je třeba vždy jednoznačně považovat za vrchol letu, neboť předem nelze stanovit další průběh letu motýlů. Opakování ošetření po 10 – 14 dnech (u každé generace) není nezbytné.
